In Autodesk Navisworks viene eseguita la ricerca di vari file di configurazione nelle sottodirectory di tre directory standard.
È possibile eseguire sostituzioni di tali file in base a singoli utenti, a tutti gli utenti o all'installazione. Di seguito sono indicate le directory di ricerca:
È possibile utilizzare altre due directory, Site e Project, per condividere diverse impostazioni di configurazione con altri utenti. Quando si esegue Autodesk Navisworks per la prima volta, le impostazioni utilizzate sono quelle contenute nella directory d'installazione. Successivamente, Autodesk Navisworks esamina il profilo utente corrente e il profilo Tutti gli utenti nel computer locale, quindi verifica le impostazioni nella directory del progetto e nella directory del sito. I file nella directory del progetto sono prioritari.