La visualizzazione stereoscopica di Autodesk Navisworks consente di visualizzare il modello 3D tramite hardware con supporto della modalità stereo, tra cui occhiali per la visualizzazione stereo passiva e attiva utilizzati sia con schermi CRT sia con proiettori dedicati.
Quando l'output video è in modalità stereo, la visualizzazione sembra sfocata se non si utilizzano gli appositi occhiali. Se la cinepresa è in modalità ortogonale, va reimpostata sulla modalità prospettiva affinché l'effetto funzioni correttamente.
Nelle modalità di navigazione basate su punti focali, ad esempio Orbita, Orbita libera e Orbita vincolata, il modello viene posizionato in modo che le parti più vicine rispetto al punto focale siano visualizzate nella parte anteriore dello schermo, con le parti rimanenti visualizzate in secondo piano. Nelle altre modalità di navigazione (quali Passeggia e Vola), il punto focale è impostato in modo che qualsiasi avatar apparirà in corrispondenza dello schermo. Gli oggetti tra chi guarda e l'avatar verranno visualizzati davanti allo schermo. È possibile regolare l'effetto fuori schermo nella finestra di dialogo Opzioni stereo.