In Autodesk Navisworks è possibile manipolare le trasformazioni di oggetti (traslazione, rotazione e scala), nonché modificare l'aspetto (colore e trasparenza) degli oggetti. La manipolazione degli oggetti viene eseguita nella vista scena.
Tutte le modifiche agli attributi degli oggetti sono considerate globali (come se fossero state modificate nel modello CAD originale) e possono essere salvate con i file di Autodesk Navisworks. Per gli attributi degli oggetti è possibile ripristinare lo stato in cui erano al momento dell'importazione dai file CAD originali.
È possibile modificare temporaneamente posizione, rotazione, dimensioni e aspetto degli oggetti della geometria per scopi di animazione. Queste modifiche non sono globali e possono essere salvate (o acquisite) come fotogrammi dell'animazione.