可以在“首选项”(Preferences)窗口的“文件/项目”(Files/Projects)类别中设置以下首选项。
创建新项目或启动项目时，可以使用这些设置来设置默认项目目录。
指定要在每个“文件 > 最近”(File > Recent)子菜单中列出多少个文件，递增文件和项目。
启用时，“自动保存”(Autosave)会按确定的间隔自动保存您的场景。文件按照“自动保存”(Autosave)选项，以名称 AUTO-SAVE 后跟递增数字进行保存。
在自动保存之前以对话框形式提示用户。
限制可自动保存文件的次数。
确定在“限制自动保存”(Limit autosaves)限处于启用状态时可以自动保存文件的次数。
确定每次自动保存之间的时间量（默认值为 10 分钟）。
确定自动保存文件存储的位置。“项目”(Project)将其存储在当前项目的“自动保存”(autosave)文件夹下，而“命名的文件夹”(Named folder)将其存储在指定的文件夹中。环境变量根据环境变量 MAYA_AUTOSAVE_FOLDER 的值存储自动保存文件。
指定保存 ASCII 文件时要使用的压缩模式：
采用压缩模式保存文件。文件压缩可缩小大文件的大小，使它们不会占用硬盘驱动器上的大量空间。
采用不压缩模式保存文件。
采用原始压缩模式保存文件，而不要压缩或解除压缩文件。“按现状”(As Is)是默认设置。
要使用压缩模式，请确保在计算机上的相应路径中安装了 zip 实用程序。
指定在导入文件时希望“显示层”(Display Layer)合并的方式。
读入的所有层都被放置在新层中、重新编号并重命名（如有必要）以保留唯一性。
读入的与现有层具有相同索引编号的所有层都与该层合并，而不是创建新的层。
读入的与现有层具有相同名称的所有层都与该层合并，而不是创建新的层。
指定在导入文件时希望“渲染层”合并的方式。
读入的所有层都被放置在新层中、重新编号并重命名（如有必要）以保留唯一性。
读入的与现有层具有相同索引编号的所有层都与该层合并，而不是创建新的层。
读入的与现有层具有相同名称的所有层都与该层合并，而不是创建新的层。
在执行保存、打开、导入和导出操作时使用当前操作系统的本地文件浏览器。
在执行保存、打开、导入和导出操作时使用 Maya 的内置文件浏览器。
打开、导入或引用 Maya 文件时忽略文件版本。通过“忽略版本”(Ignore Version)首选项，可以打开由任意版本的 Maya 创建的文件，不管文件保存格式是 ASCII 还是二进制。如果需要在早期版本中打开文件，使用该功能就无需保存，也无需手动编辑 ASCII 版本的 Maya 文件来移除所需的版本行。
“忽略版本”(Ignore Version)首选项适用于“文件 > 打开场景”(File > Open Scene)、“文件 > 导入”(File > Import)和“文件创建引用命令”(File Create Reference commands)。
从 Maya 2012 开始，对于 Linux 和 Mac 平台，在 Maya 尝试使用由 lastLocalWS 指向的目录之前，需要通过检查来确保该目录可访问。该目录必须具有 555 (r-xr-xr-x) 权限。否则，如果该目录仅具有 444 (r--r--r--) 权限，则 Maya 不能使用它；即使 cd or ls 不起作用也是如此。
除了 lastLocalWS 以外，还有其他 Maya 在启动时尝试使用的工作区，相同的检查也被应用于这些工作区。Maya 尝试使用这些工作区的顺序如下：
启用后，Maya 会自动刷新已更新并保存在其他应用程序中的文件纹理。默认情况下会禁用该选项。