以下部分列出了此版本 Maya FBX 插件的已知限制。如果您所具有的插件问题未在此处列出，请参考疑难解答部分。
您可以将 Maya 变换节点的自定义属性导出到 FbxNode 用户特性。但是，无法将 Maya 形状节点的自定义属性（如，网格节点）导出到 FbxGeometry。这是因为 FbxGeometry 当前不支持用户特性。
FBX 不支持导出每个 Maya 属性，例如 SmoothDrawType 或 ShaderFX 基本体变量节点属性。
如果 FBX 插件在导出时遇到一个不支持的属性，它会在重新导入时将该属性重置为其默认值。
在早期版本的 Maya UI（2011 版本之前）以及在 Maya 2015 中仍可用的“经典”的“本地操作系统”(OS Native)UI 中，如果要覆盖现有文件，将出现“覆盖”(Overwrite)对话框。如果选择“是”，然后在显示的 FBX 导出器窗口中取消相应导出，则要覆盖的 FBX 文件将被删除。
如果在导出为 FBX 时使用 Maya 2015 默认 UI，这将不是问题，因为文件浏览器和导出器选项现在显示在同一窗口中。如果使用 Maya “默认 UI”(Default UI)导出为 FBX，可以取消导出操作，而不删除原始的 FBX 文件。请参见切换 FBX UI。
若要将簇正确导入到 Maya，请取消激活“将元素变形为关节”选项。否则，其簇枢轴不会正确导入。
存在这样的限制，FBX 不支持材质与原始几何体对象不同的实例化几何体。
当支持实例几何体时，材质不存在差异。例如，如果一个几何体的两个实例具有颜色 A（原始对象颜色）和 B，则导出为 FBX 之后，两者都共享颜色 A。“正交”是一个用于说明两个向量互相垂直（成 90 度）的术语。在 3D 空间中，如果 X、Y 或 Z 轴不垂直，我们将其视为“非正交”，FBX 插件不支持以矩阵的形式表示非正交轴。例如，当通过旋转和缩放来倾斜对象时可能会出现一组非正交轴。
由于 FBX 插件假定 X、Y 和 Z 轴之间的夹角始终为 90 度，因此该插件只能支持正交矩阵。任何具有非正交 TRS 矩阵的变换轴均将被 FBX 插件忽略，因此该插件无法导入或导出在轴非正交的情况下创建的效果。正因如此，任何非正交效果（如倾斜）均将丢失。
即使您具有继承自其他对象的变换数据（如通过其结果为非正交局部 TRS 矩阵的父对象进行缩放），也会出现问题。
无法在预设文件中保存烘焙动画(Bake Animation)设置（“开始”(Start)/“结束”(End)/“步长”(Step)值）。如果创建了一个对于“烘焙动画”(Bake Animations)值有特定设置的预设，则下次加载该预设时不会使用这些值。相反，默认情况下 FBX 插件将始终默认采用针对场景的时间轴设置的值。
例如，如果场景中动画的长度为 102 帧，则无论您已在预设中为此设置存储了什么值，“开始”、“结束”和“步长”值将分别为 1、102 和 1。
Maya FBX 插件本身中的比例补偿设置不存在任何限制。
但是，在 3ds Max 中存在限制。如果在 Maya 中修改了作为其他关节的父关节的关节比例，将执行转化，以补偿在 3ds Max 中找不到的缩放行为。这是通过设置子关节缩放的动画来完成的。此转化能够在 3ds Max 中保持 Maya 中的动画的视觉保真度。
比例补偿的作用是什么？
如果在 Maya 中使用比例补偿缩放某个父关节，则父关节不会缩放子关节，而是为子关节创建偏移。但是，如果在 3ds Max 中也执行此操作，则子关节会被缩放，而不会创建偏移。
存在这样的已知限制：包含 NURBS 子组件（如“等参线”(Isoparm)、“控制顶点”(Control Vertex)或“曲面面片”(Surface Patch)）的集未保留在集中并不会导出。
目前存在一个已知的 FBX 限制：即使激活“导出 > 包括几何体切线和次法线”(Export > Include Geometry Tangents and Binormals)选项，也不会显示已导出的次法线和/或切线的信息。
“切线和次法线”(Tangents and Binormals)选项仅适用于只包含三角多边形的网格，因此可能需要先对网格进行三角化，然后再激活该选项