Autodesk Navisworks 是一個協同作業解決方案，雖然使用者可以使用不同的方式審閱模型，但其結果檔案均可合併為一個 Autodesk Navisworks 檔案，且會自動移除所有重複的幾何圖形與標記。
合併多個 NWF 檔案 (每個 NWF 檔案均包含相同的參考檔案) 時，Autodesk Navisworks 僅載入一組組合模型，以及每個 NWF 檔案中的所有審閱標記 (如標籤、檢視或註解)。合併時，會移除所有重複的幾何圖形或標記。
對於多圖紙檔案，這是目前開啟的圖紙/模型，該圖紙/模型是合併指令的接收者。如果您要將兩個多圖紙檔案合併在一起，則預設圖紙/模型與目前場景合併後，您可以選擇將其餘的圖紙/模型加入您的檔案。您可以在「選項編輯器」 (「介面」 
「附加與合併」) 中自訂此行為。您也可以在檔案內部執行幾何圖形和資料合併，此作業會將「專案瀏覽器」中列出的 2D 圖紙或 3D 模型與目前開啟的圖紙或模型合併。請參閱〈將幾何圖形和中繼資料加入至目前的圖紙/模型〉。
合併 TimeLiner 資料
對於包含 TimeLiner 資料的檔案，合併將按如下所示進行：
- 如果兩個 TimeLiner 資料集是相同的，將移除所有重複資料。
- 如果兩個 TimeLiner 資料集包含相同的主要連結，將選擇具有最新連結 (即最新檔案日期) 的資料集。如果主要連結不同，將使用工作數量最多的資料集，並且儘可能地重新貼附連結。
- 如果兩個 TimeLiner 資料集完全不相關，將不執行任何資料合併。