Autodesk Navisworks 有三種原生檔案格式：NWD、NWF 和 NWC。
NWD 檔案包含所有模型幾何圖形以及 Autodesk Navisworks 特定的資料，例如審閱標記。可以將 NWD 檔案視為模型目前狀態的快照。
NWD 檔案非常小，因為它們將 CAD 資料最多壓縮了原始大小的 80%。
NWF 檔案包含原始原生檔案 (如「選集樹」中列示) 以及 Autodesk Navisworks 特定的資料 (例如審閱標記) 的連結。由於不會使用此檔案格式儲存任何模型幾何圖形，因此 NWF 的大小比 NWD 小很多。
依預設，在 Autodesk Navisworks 中開啟或附加任何原生 CAD 或雷射掃瞄檔案時，將在原始檔案所在的目錄中建立一個與原始檔案同名但副檔名為 .nwc 的快取檔案。
由於 NWC 檔案比原始檔案小，因此可加快存取常用檔案的速度。下次在 Autodesk Navisworks 中開啟或附加檔案時，如果對應的快取檔案比原始檔案新，則會從該快取檔案讀取資料。如果該快取檔案較舊 (表示原始檔案已變更)，則 Autodesk Navisworks 將轉換更新的檔案，並為其建立一個新的快取檔案。