儲存 Autodesk Navisworks 檔案時，可以選擇使用 NWD 或 NWF 檔案格式。
基本原則是，如果要儲存透過將所有模型檔案組合在一起建立的場景，請使用 NWF 檔案格式，如果只需要目前工作的快照，請使用 NWD 檔案格式。
這兩種格式都會儲存審閱標記，但 NWD 檔案儲存檔案幾何圖形，而 NWF 檔案儲存原始檔案的連結。這使得 NWF 檔案大小非常小。另外，開啟 NWF 檔案時，Autodesk Navisworks 會自動重新載入所有已修改的參考檔案，這表示幾何圖形永遠為最新，即使對於最複雜的模型來說亦是如此。
另一方面，每當您需要與其他人共用您建立的場景和審閱標記時，最好分配已發佈的 NWD 檔案，其中包含其他功能，例如，密碼保護和檔案到期日。可以在 Autodesk Navisworks Manage、Autodesk Navisworks Simulate 及 Autodesk Navisworks Freedom (免費檢視器) 中檢視已發佈的檔案。