С зонами в проекте можно работать в режиме связи с моделью. 
См. раздел Связанные модели. 
- Чтобы иметь возможность размещать пространства и создавать зоны в основном (локальном) файле, необходимо включить для связанной модели свойство "Граница помещения". По умолчанию это свойство отключено. 
- Все зоны и пространства, созданные в проекте MEP, должны находиться в основном (локальном) файле, а не в связанной модели. 
- Стадия зоны должна совпадать со стадией пространства (или соответствовать ей, если стадия имеет другое имя).