È possibile modificare i collegamenti originali che sono stati convertiti dai file CAD nativi. In tal caso, affinché le sostituzioni vengano mantenute è necessario salvare le modifiche in un file NWF, modificare il collegamento nel file CAD originale e riaprire il file NWF in Autodesk Navisworks. Se i collegamenti non sono stati modificati in Autodesk Navisworks, verranno visualizzati i collegamenti aggiornati nel file CAD.
È possibile sostituire tutti i collegamenti su un oggetto con quelli originali convertiti dal file CAD, nonché ripristinare lo stato originale di tutti i collegamenti su tutti gli oggetti nella scena.
I collegamenti che è possibile eliminare sono quelli aggiunti al file dagli utenti di Autodesk Navisworks e i collegamenti convertiti da file CAD originali. Non è invece possibile eliminare collegamenti generati automaticamente, ma soltanto disattivarli per ridurre l'ingombro nella vista scena.