ウィンドウを削除した後、deleteUI コマンドを使用して、ウィンドウに関連付けられている modelPanel も手動で削除する必要があります。ウィンドウを削除してもモデル パネルは自動的に削除されません。
例:
// Create a window called myWindow
window -wh 640 480 myWindow;
paneLayout;
// Save modelPanel as a string named panel
string $panel = `modelPanel`;
showWindow myWindow;
// Set a script job so that when myWindow is deleted, modelPanel is also deleted
scriptJob -uiDeleted "myWindow" ("{ deleteUI -panel " + $panel + "; }");