Autodesk Navisworks es una solución para trabajar en equipo, de modo que, aunque los usuarios revisen el modelo de formas distintas, los archivos resultantes se pueden fusionar en un único archivo de Autodesk Navisworks, en el que se eliminan duplicados en la geometría y en las marcas de revisión.
Cuando se fusionan archivos NWF que contienen las mismas referencias a archivos, Autodesk Navisworks sólo carga un conjunto de los modelos combinados, junto con todas las marcas de revisión (como identificadores, puntos de vista o comentarios) de cada archivo NWF. Al fusionar los archivos, se eliminan los duplicados en la geometría y en las marcas de revisión.
Para los archivos de planos múltiples, el destinatario del comando de fusión es el plano o modelo abierto. Si desea fusionar dos archivos de planos múltiples, una vez fusionado el plano o modelo predeterminado con la escena actual, tiene la opción de añadir el resto de planos o modelos al archivo. Puede personalizar este comportamiento en el Editor de opciones (Interfaz 
Añadir y fusionar). También puede combinar la geometría y los datos desde dentro del archivo (es decir, combinar planos 2D o modelos 3D que aparezcan en el Navegador de planos) con el plano o el modelo abiertos actualmente. Véase Adición de geometría y metadatos al plano o modelo actual.
Fusión de datos de TimeLiner
En el caso de archivos que contienen datos de TimeLiner, el proceso de fusión es el siguiente:
- si hay dos conjuntos de datos de TimeLiner idénticos, se eliminan todos los datos duplicados.
- si hay dos conjuntos de datos de TimeLiner que contienen el mismo vínculo primario, se utiliza el vínculo más reciente (es decir, la fecha de archivo más reciente). Si los vínculos primarios son diferentes, se utiliza el conjunto de datos con más tareas, y los vínculos vuelven a adjuntarse si es preciso.
- si hay dos conjuntos de datos de TimeLiner sin ninguna relación, no se fusiona ningún dato.