Удаление проекта относится к задачам системного администратора. Поэтому из Диспетчера проектов ее выполнить нельзя; это возможно только с помощью Проводника Windows.
Удаление папки проекта приводит к удалению всех файлов DWG, XML и файла APJ. Прежде чем сделать это, убедитесь, что ни один из этих файлов действительно не нужен. Если вы уже больше не работаете с проектом, но все же желаете сохранить его файлы DWG, часто достаточно просто удалить содержание проекта.