Po wybraniu projektu w Przeglądarce projektów otwierany jest Nawigator projektu w celu utworzenia lub edycji właściwego budynku i danych dokumentacji. Nawigator projektu służy do tworzenia elementów, konstrukcji, widoków modelu, widoków szczegółów, widoków przekrojów i arkuszy oraz do łączenia z sobą tych obiektów.
Uwaga: Choć pliki i kategorie projektów tworzonych na palecie Nawigatora projektu są wyświetlane w Eksploratorze Windows jako pliki i foldery, plików tych nie należy przenosić, kopiować, usuwać ani zmieniać ich nazwy. Takie zmiany nie są aktualizowane na palecie Nawigatora projektu i mogą dawać sprzeczny widok danych projektu. Oprogramowanie zarządza zmianami wprowadzanymi w projekcie na palecie Nawigatora projektu oraz je koordynuje. Należy również zauważyć, że żadnych zmian wprowadzanych na palecie Nawigator projektu (takich jak zmiana nazwy, usuwanie lub zmiana właściwości pliku) nie można cofnąć za pomocą polecenia COFAJ programu AutoCAD.