在三维自由空间中，总空间高度可由关联空间中的边界对象确定，或者由非关联空间中三维几何体的高度决定。在总空间高度范围内，可以修改单个构件的高度，但是不会从总空间高度添加或减去这些构件高度。例如，如果增大了天花板上方空间的高度，那么天花板高度将会相应降低。
以下额外限制适用于三维自由空间高度的修改：
- 可以修改天花板厚度和天花板上方空间高度。但是，如果天花板厚度设置为 0，则天花板上方空间的高度也将为 0 且为只读。
- 可以修改楼板厚度和楼板下方空间高度。但是，如果楼板厚度设置为 0，则楼板下方空间的高度也将为 0 且为只读。
- 如果天花板厚度和楼板厚度都是 0，那么天花板高度是只读设置。
- 三维自由空间的对齐方式始终设置为“楼板顶部”。
- 如果将天花板底边放置到空间顶部高度处，那么天花板将位于实际受限体积上方，而不会被绘制。但是，无法将天花板底边放置到空间顶部上方。
- 如果将楼板顶部放置到空间底部高度处，那么楼板将位于实际受限体积下方，而不会被绘制。但是，无法将楼板顶部放置到空间底部下方。
- 三维自由空间的天花板高度范围是从天花板底边到楼板顶部。如果天花板和楼板厚度都设置为 0，则天花板高度的范围是空间顶部到空间顶部。