Autodesk Navisworks dispone de tres formatos de archivo nativos: NWD, NWF y NWC.
Un archivo NWD contiene toda la geometría del modelo, junto con datos específicos de Autodesk Navisworks, como marcas de revisión. Se puede considerar que un archivo NWD es una instantánea del estado actual del modelo.
El tamaño de los archivos NWD es muy reducido, porque comprimen los datos CAD hasta un 80% con respecto a su tamaño original.
Los archivos NWF contienen vínculos a los archivos nativos originales (como se muestra en el Árbol de selección) con datos específicos de Autodesk Navisworks, como las marcas de revisión. En este formato de archivo no se guarda la geometría del modelo; por ello, el tamaño de los archivos NWF es considerablemente menor que el de los archivos NWD.
Por defecto, al abrir o anexar archivos nativos de CAD o de exploración láser en Autodesk Navisworks, se crea un archivo de caché en el mismo directorio y con el mismo nombre del archivo original, pero con una extensión .nwc.
Los archivos NWC son más pequeños que los archivos originales y permiten acelerar el acceso a los archivos más utilizados. Cuando vuelve a abrir o anexar el archivo en Autodesk Navisworks, se leen los datos del archivo de caché correspondiente si éste es más nuevo que el archivo original. Si el archivo de caché es más antiguo, lo que supone que se ha modificado el archivo original, Autodesk Navisworks convierte el archivo actualizado y crea otro archivo de caché.