È possibile cercare le differenze tra due elementi selezionati nella scena. Gli elementi possono essere file, layer, istanze o semplicemente geometria.
Questa funzionalità consente inoltre di determinare le differenze tra due versioni dello stesso modello.
In Autodesk Navisworks il confronto inizia a partire dal livello di ogni elemento e prosegue in modo ricorsivo in ogni percorso successivo nella struttura di selezione, esaminando ogni elemento trovato che soddisfa i criteri specificati.
Al termine del confronto, i risultati vengono evidenziati nella vista scena. Per default, sono utilizzati i seguenti colori:
È possibile salvare i risultati del confronto come gruppi di selezione con commenti automatici che descrivono più dettagliatamente le differenze trovate.