Организация этих элементов в значительной степени зависит от документооборота и внутренних правил предприятия. Одно из возможных решений - вычертить альтернативные варианты как обычные конструкции, а потом создать для них специальные виды.
Если требуется представить совершенно иные планы/фасады для показа "Альтернатив", можно использовать для их представления секции; при формировании вида просто понадобится включить в вид соответствующую секцию.
В некоторых случаях можно рассмотреть такой вариант: скопировать проект и поместить "Альтернативы" в копию проекта. Однако при копировании проекта придется поддерживать 2 разных набора файлов; скопированный проект не сохраняет никаких связей с исходным.