Mit dem Begriff "orthogonal" werden zwei Vektoren beschrieben, die senkrecht (rechtwinklig) zueinander stehen. Wenn die X-, Y- oder Z-Achse im dreidimensionalen Raum nicht senkrecht zueinander stehen, werden sie als "nicht orthogonal" bezeichnet, und das FBX-Plug-In unterstützt ihre Darstellung als Matrix nicht. Eine nicht orthogonale Gruppe von Achsen kann beispielsweise auftreten, wenn Sie ein Objekt mittels Rotation und Skalierung drehen.
Da das FBX-Plug-In davon ausgeht, dass zwischen X-, Y- und Z-Achse stets ein Winkel von 90 Grad besteht, kann es nur orthogonale Matrizen unterstützen. Das FBX-Plug-In ignoriert alle transformierten Achsen mit nicht orthogonalen Verschiebungs-, Rotations- und Skalierungsmatrizen. Auf diese Weise werden keine Effekte importiert oder exportiert, die mit nicht orthogonalen Achsen erstellt wurden. Alle nicht orthogonalen Effekte (wie Drehung) gehen also verloren.
Auch bei aus anderen Objekten übernommenen Transformationsdaten kann dies zu Problemen führen, beispielsweise bei der Skalierung über ein übergeordnetes Objekt, bei der eine nicht orthogonale, lokale Verschiebungs-, Rotations- und Skalierungsmatrix entsteht.