Navisworks ha tre formati di file nativi: NWD, NWF e NWC.
I file NWD contengono l'intera geometria del modello e dati specifici di Navisworks, ad esempio i segni di revisione. È possibile pensare ad un file NWD come ad un'istantanea dello stato corrente del modello.
I file NWD hanno dimensioni ridotte, in quanto consentono di comprimere i dati CAD anche dell'80% rispetto alle dimensioni originarie.
I file NWF contengono collegamenti ai file nativi originali (elencati nella struttura di selezione) e dati specifici di Navisworks, ad esempio i segni di revisione. Nessuna geometria di modello viene salvata con questo formato di file; pertanto un file NWF è notevolmente più piccolo di un file NWD.
Per default, quando si aprono o si aggiungono file CAD nativi o file di scansione laser in Navisworks, viene creato un file di cache nella stessa directory e con lo stesso nome del file originale, ma con l'estensione NWC.
I file NWC sono più piccoli dei file originali e consentono un accesso più rapido ai file di uso frequente. Quando si apre successivamente il file o lo si aggiunge a Navisworks, se il file di cache è più recente del file originale, i dati vengono letti dal file di cache corrispondente. Se il file di cache è precedente, ovvero se il file originale è stato modificato, il file aggiornato viene convertito da Navisworks e viene creato un nuovo file di cache.