與 Windows 版本相比，Linux 版本的 Autodesk Nastran 有一些與執行方面相關的小幅度變更。此處會記錄這些差異。
在指令行中找不到初始化檔案時，Linux 版本的 Nastran 會以下列順序檢查以下每個位置是否有初始化檔案。這會觸發一系列的 Linux 專屬警告，通知您目前發生的狀況，以及 Linux 偵測到和使用的初始化檔案。如果正確使用，此機制可讓您針對每個使用者設定預設參數，或者只使用預設的系統初始化檔案。系統會使用以下列順序找到的第一個初始化檔案：
優先使用在指令行找到的初始化檔案。
Nastran 會在目前的工作目錄中尋找是否有這個初始化檔案。
Nastran 會尋找是否有「隱藏的」初始化檔案放在使用者主目錄中。檔名前面額外的 '.' 表示，除非您對 'ls' 指令使用 '-a' 選項，否則 'ls' 指令不會顯示這個檔案。如果您在模擬時一律使用相同的選項，請將此檔案放在這裡。
這是安裝時規劃的預設初始化檔案。標準使用者很可能無法編輯這個檔案。
檔名和資料夾名稱已支援使用空格或其他標點符號。但是請注意，執行 Autodesk Nastran 時，必須使用額外的預防措施來跳脫 (亦即使用引號括住) 終端機指令行的檔名和資料夾名稱。這樣做有可能會產生錯誤，但是在檔名和資料夾名稱避免使用空格和其他標點符號 (底線和虛線則可以使用，無需額外處理) 比較安全且能夠避免發生錯誤的可能性。
此外，我們建議您使用絕對路徑名稱，也就是前面以 '/' 做為開頭，而不要使用縮寫 '.'、'..' 或 '~'。這些選項均可使用，但建議您在廣泛使用之前先加以測試。
Autodesk Nastran Linux 版是專門設計在叢集系統上使用，在叢集系統中，可能會有多個使用者執行 Autodesk Nastran，或者是一個使用者同時執行多個模擬。為了確保 Linux 系統上每個 Nastran 執行中的例證不會互相干擾，Linux 版本的 Autodesk Nastran 會在 FILESPEC(x) 指令指定的位置內建立一個唯一的目錄。此唯一目錄的名稱格式為 "nastmp_XXXXXX"，其中 XXXXXX 會在執行時由系統產生的一系列字元取代以確保唯一性。
成功完成後，此資料夾就會移除。如果 Autodesk Nastran 模擬中斷，此資料夾就不會自動移除。在這種情況下，可能需要手動移除此資料夾。