A projektfájlok és bejegyzések kezelése sokkal megbízhatóbb, ha minden projekt létrehozásához az Eszköztár Kereső lapját használja. Miután létrehoz egy új projektet, az megjelenik az Autodesk Civil 3D programon belül a Projektek gyűjteményben. Ezen kívül a Kereső lapról megtekintheti, szerkesztheti és kezelheti is a Vault tárban tárolt rajzokat és Autodesk Civil 3D objektumadatokat.
Minden projekthez érdemes egy projektsablont használnia a szabványos mappaszerkezet létrehozásához. Az Autodesk Civil 3D programban szerepel a „_Sample Project” sablon, és alapértelmezés szerint a C:\Users\Public\Documents\Autodesk\Civil 3D Project Templates mappában található. Ha ez a sablon nem felel meg az igényeinek, egyszerűen másolja le, ellenőrizze a mappaneveket és a -szerkezetet, és mentse más névvel az Autodesk Civil 3D Project Templates mappában. Ezután egy projekt létrehozásakor kiválaszthatja az egyéni sablont. Könnyen létrehozhat több sablont a különböző projekttípusokhoz.