Program Zestaw narzędzi AutoCAD Map 3D pozwala łączyć dane z map korzystających z różnych układów współrzędnych. Aby połączyć takie dane, należy określić układ współrzędnych używany dla dołączonych rysunków oraz dla bieżącego rysunku. Po przeniesieniu obiektów z dołączonych rysunków do rysunku bieżącego zostaną one przekształcone tak, aby zachować zgodność z jego układem współrzędnych.
Układ współrzędnych przypisany do rysunku określa układ użyty podczas tworzenia tego rysunku. Przykładowo gdy mapa powstała z użyciem Universal Transverse Mercator, Zone 27, US Survey, do mapy tej przypisany został kod UTM-27F.
Na tej mapie Stanów Zjednoczonych jest używany układ współrzędnych Latitude-Longitude 84.
Należy określić układ współrzędnych dla bieżącego rysunku i dla rysunków źródłowych przed przywoływaniem z tych rysunków jakichkolwiek obiektów. Kiedy obiekty są przywołane z rysunków źródłowych, w programie Zestaw narzędzi AutoCAD Map 3D są one automatycznie konwertowane na układ współrzędnych bieżącego rysunku. Ta operacja jest nazywana transformacją współrzędnych. Przy zapisie obiektów z powrotem w rysunkach źródłowych w programie Zestaw narzędzi AutoCAD Map 3D przeprowadzana jest transformacja odwrotna. Można zdefiniować własne transformacje oprócz tych, które zawiera program Zestaw narzędzi AutoCAD Map 3D.
Na tej mapie jest używany układ współrzędnych z odwzorowaniem wiernopolowym Albersa.
Kod i definicja układu współrzędnych są przechowywane w pliku rysunku. Wspólnie z innymi użytkownikami pracującym w wersji 4 lub nowszej programu można korzystać z tego samego rysunku i gwarantuje to używanie poprawnego układu współrzędnych podczas pracy z tym rysunkiem.
Po przypisaniu określonego układu współrzędnych do wybranych dołączonych rysunków, dla każdego rysunku źródłowego zostanie utworzony plik kopii zapasowej, z rozszerzeniem .bak, który nie zawiera informacji o przypisanym układzie współrzędnych (stan rysunku przed przypisaniem układu).
Wśród układów współrzędnych obsługiwanych przez program Zestaw narzędzi AutoCAD Map 3D znajdują się systemy używane w Stanach Zjednoczonych, takie jak Universal Transverse Mercator System oraz State Plane Coordinate System, jak również wiele innych międzynarodowych układów współrzędnych używanych na całym świecie. Pełną listę obsługiwanych układów zawiera okno Biblioteka układów współrzędnych.
Można zdefiniować własne układy współrzędnych, odniesienia, elipsoidy, transformacje geodezyjne i ścieżki transformacji geodezyjnych. Podczas definiowania układu współrzędnych można używać własnych plików siatki.