Istnieje kilka sposobów modyfikowania istniejącego wystąpienia obiektu niestandardowego. Modyfikacje te dokonywane są na wystąpieniu, a nie na całej definicji.
Przykładowo: zmiany wprowadzone do określonego Zadania, takiego jak Przejrzyj projekt Johna, nie są wprowadzane do całej definicji Zadania. Poniżej wymieniono polecenia dostępne w przypadku obiektów niestandardowych i zamieszczono krótki opis każdej funkcji.
Wybranie opcji Wpisz w przypadku wystąpienia obiektu niestandardowego spowoduje zgromadzenie wszystkich plików, które są skojarzone ze wszystkimi połączonymi danymi. Dlatego też, jeśli obiekt niestandardowy zawiera łącza do plików, folderów, elementów lub poleceń zmiany, pliki skojarzone z tymi połączonymi danymi zostaną zgromadzone i wpisane.
Wybranie opcji Pobierz/Wypisz w przypadku obiektu niestandardowego spowoduje pobranie i opcjonalnie wypisanie plików skojarzonych z łączami w obiekcie niestandardowym. Dlatego też, jeśli obiekt niestandardowy zawiera łącza do plików, folderów, elementów lub poleceń zmiany, to pliki skojarzone z tymi połączonymi danymi zostaną zgromadzone i pobrane/wypisane.
Podobnie jak polecenia wpisania i wypisania polecenie cofnięcia wypisania wycofa wypisania potrzebne dla plików skojarzonych z danymi połączonymi z obiektem niestandardowym.
Polecenie Zmień kategorię przypisuje nową kategorię do obiektu niestandardowego. Łącza do obiektów niestandardowych o tej samej definicji można zamieścić w oknie dialogowym zmiany kategorii.
Stan obiektu niestandardowego można zmienić podobnie jak wszystkie łącza do tego samego typu definicji. Przykładowo, jeśli zdefiniowano obiekt niestandardowy Zadania, a wystąpienie zadania zawiera łącza do innych zadań, to wszystkie połączone zadania mogą zostać uwzględnione w operacji zmiany stanu.
Wystąpienia obiektów niestandardowych można usuwać, pod warunkiem że zezwalają na to role i uprawnienia przypisane do definicji i wystąpienia. Wszystkie łącza do tego wystąpienia powodują wyświetlanie okna dialogowego z monitem o potwierdzenie usunięcia.
Nazwy obiektów niestandardowych można zmienić przy użyciu polecenia Zmień nazwę. Okno dialogowe służące do obsługi obiektów niestandardowych jest podobne do polecenia zmiany nazwy folderu.
Polecenie Przejdź do przenosi użytkownika do źródła łącza. Jeśli to polecenie zostanie wybrane w przypadku łącza do obiektu niestandardowego, przenosi ono użytkownika do źródła łącza.
Wybranie tego polecenia powoduje wypełnienie okna dialogowego właściwości ogólnych i zabezpieczeń obiektu niestandardowego. W tym miejscu do wystąpienia można zastosować nadpisanie zabezpieczenia.