Navisworks 有三种原生文件格式：NWD、NWF 和 NWC。
NWD 文件包含所有模型几何图形以及特定于 Navisworks 的数据，如审阅标记。可以将 NWD 文件看作是模型当前状态的快照。
NWD 文件非常小，因为它们将 CAD 数据最大压缩为原始大小的 80%。
NWF 文件包含指向原始原生文件（在“选择树”上列出）以及特定于 Navisworks 的数据（如审阅标记）的链接。此文件格式不会保存任何模型几何图形，这使得 NWF 的大小要比 NWD 小很多。
默认情况下，在 Navisworks 中打开或附加任何原生 CAD 文件或激光扫描文件时，将在原始文件所在的目录中创建一个与原始文件同名但文件扩展名为 .nwc 的缓存文件。
由于 NWC 文件比原始文件小，因此可以加快对常用文件的访问速度。下次在 Navisworks 中打开或附加文件时，将从相应的缓存文件（如果该文件比原始文件新）中读取数据。如果缓存文件较旧（这意味着原始文件已更改），Navisworks 将转换已更新文件，并为其创建一个新的缓存文件。
NWL 文件是一个简单的文本文件，可用于加载文件列表，其中每行包含一个文件名。文件名可以是绝对路径，也可以是相对于 NWL 文件本身的路径。可以在文件名中使用 Windows 样式的环境变量（例如 %APPDATA%）。此格式旨在便于通过脚本生成，例如，用来更轻松地加载多个文件。
下面显示了一个 NWL 文件结构示例：
struct/Structure.ifc
arch/Architecture.rvt
C:/MyProject/base.nwc
%APPDATA%/SharedFiles/ground.dwg
此文件参考了其他四个文件。前两个是相对于 NWL 文件本身的路径。第三个是绝对路径，第四个演示了如何使用环境变量。