Navisworks 有三種原生檔案格式：NWD、NWF 和 NWC。
NWD 檔案包含所有模型幾何圖形以及 Navisworks 特定的資料，例如審閱標記。您可以將 NWD 檔案視為模型目前狀態的快照。
NWD 檔案非常小，因為它們將 CAD 資料最多壓縮了原始大小的 80%。
NWF 檔案包含原始原生檔案 (如「選集樹」中列示) 以及 Navisworks 特定的資料 (例如審閱標記) 的連結。由於不會使用此檔案格式儲存任何模型幾何圖形，因此 NWF 的大小比 NWD 小很多。
依預設，在 Navisworks 中開啟或附加任何原生 CAD 或雷射掃瞄檔案時，將在原始檔案所在的目錄中建立一個與原始檔案同名但副檔名為 .nwc 的快取檔案。
由於 NWC 檔案比原始檔案小，因此可加快存取常用檔案的速度。下次在 Navisworks 中開啟或附加檔案時，如果對應的快取檔案比原始檔案新，則會從該快取檔案讀取資料。如果該快取檔案較舊 (表示原始檔案已變更)，則 Navisworks 將轉換更新的檔案，並為其建立一個新的快取檔案。
NWL 檔案是一個簡單的文字檔，可用於載入每行包含一個檔名的檔案清單。檔名可以是絕對路徑，也可以是相對於 NWL 檔案本身的路徑。您可以在檔名中使用 Windows 型式環境變數 (例如 %APPDATA%)。此格式旨在透過指令碼輕鬆產生，例如，更輕鬆載入多個檔案。
NWL 檔案結構範例如下所示：
struct/Structure.ifc
arch/Architecture.rvt
C:/MyProject/base.nwc
%APPDATA%/SharedFiles/ground.dwg
此檔案參考其他四個檔案。前兩個是相對於 NWL 檔案本身的路徑。第三個是絕對路徑，第四個演示如何使用環境變數。