Menedżer warstw umożliwia tworzenie, zmienianie nazw, włączanie i wyłączanie widoczności oraz usuwanie warstw w przypadku zasobów 3D w układzie programu Inventor Factory. Do każdej warstwy można przypisać określony kolor lub zmienić już przypisany kolor na inny. Warstwy oraz przypisane do nich kolory można również zaimportować z istniejącego pliku DWG.
Po utworzeniu warstwy zostaje ona ustawiona jako bieżąca, zanim zasób zostanie umieszczony na podłodze Factory. Dzięki temu zasób jest umieszczany na właściwej warstwie z zastosowaniem koloru przypisanego do danej warstwy, ale w dowolnej chwili zasób umieszczony na jednej warstwie można łatwo przenieść do innej warstwy. Kolory warstw przypisane do zasobów 3D umieszczonych w układzie nie pojawiają się w programie Inventor Factory. Jednak po użyciu polecenia Synchronizuj z programem AutoCAD wszystkie zasoby 2D pojawią się w programie AutoCAD Factory w określonych kolorach warstw. Należy pamiętać, że tylko te warstwy, które zawierają zasoby 3D umieszczone w układzie programu Inventor Factory, są dodawane do rysunku w programie AutoCAD Factory.
Za pomocą listy rozwijanej Menedżer warstw można szybko ustawić warstwę jako bieżącą lub włączyć bądź wyłączyć jej widoczność.