En las empresas grandes, con varios departamentos que utilizan AutoCAD Civil 3D de forma independiente, se recomienda el uso de varios almacenes directamente desde el principio. Cada departamento —como los departamentos de topografía, emplazamientos o autopistas— tiene su propio almacén. Esta estructura facilita la administración independiente de los permisos y el acceso a los proyectos de cada departamento.
Cada almacén puede tener un administrador del sistema distinto y, si es necesario, a los usuarios sólo se les concede acceso a un único almacén. Si algunos usuarios necesitan acceder a varios almacenes, debe configurar sus permisos para cada almacén por separado. Además, tenga en cuenta que los usuarios no pueden iniciar sesión en más de un almacén a la vez.
En las empresas con proyectos muy grandes, de varias fases, a veces se asigna un almacén distinto a cada fase del proyecto para facilitar la administración del proyecto. Si se opta por partir los datos en varios almacenes de un servidor, los equipos de proyectos verán listas de proyectos más cortas y tendrán un mayor control sobre el acceso a los datos. No obstante, este enfoque presenta algunas desventajas. Los proyectos residen en distintas ubicaciones y los usuarios tienen que recordar varios nombres y ubicaciones de almacenes. Además, la creación de copias de seguridad y el mantenimiento de varios almacenes supone más trabajo para el departamento de TI.