Управлять плоскостями сечения можно с помощью гизмо, доступных на вкладке "Инструменты сечения" 
панели "Преобразование". Границами 3D вида можно также управлять с помощью числовых значений. Секущие плоскости можно перемещать и вращать, но нельзя масштабировать.
По умолчанию, когда секущая плоскость становится текущей, используется гизмо движения, за исключением случаев, когда вы выбрали гизмо вращения до активации секущей плоскости. Все гизмо подчиняются одному и тому же положению/вращению. Это значит, что перемещение одного гизмо влияет на положение других.
Единовременно можно управлять только одной плоскостью (текущей плоскостью), но можно связать между собой секущие плоскости для формирования "вырезанных" секций.