Un ensemble fantôme est un noeud dans le navigateur utilisé pour regrouper les composants afin de simplifier le processus de conception. Ils existent dans la conception, mais ne constituent pas des éléments de lignes distincts dans la nomenclature.
Les noeuds des ensembles fantômes sont signalés par l'icône 
dans le navigateur Mechanical.
Parmi des exemples classiques d'ensembles fantômes, on note des ensembles de matériel où les composants sont achetés et assemblés séparément, mais sont généralement utilisés ensemble (par exemple, les vis, les écrous et les rondelles).
Les ensembles fantômes ont les caractéristiques suivantes :
- Ils sont ignorés par la nomenclature.
- Ils ne sont pas numérotés et ne sont pas automatiquement inclus dans les calculs de quantité.
- Ils influencent la participation de leurs descendants dans la nomenclature en les élevant dans les vues structurées de la nomenclature. Les descendants d'un composant fantôme sont traités comme des enfants des enfants du composant fantôme, bien qu'au niveau de la structure de l'objet, ceci ne soit pas vrai.
- La quantité de leurs descendants est multipliée par la quantité des composants fantômes.
Tous les ensembles locaux sont susceptibles d'être définis comme des ensembles fantômes, à l'inverse des ensembles de références externes.
Il est également possible de définir un ensemble comme un ensemble fantôme uniquement dans le dessin courant. Dans ce cas, l'ensemble est un fantôme dans le dessin courant mais il continue à être un ensemble normal dans les dessins qui l'utilisent comme un composant de référence externe (xréf). Il est pratique de définir la racine de l'ensemble d'un dessin en tant que fantôme dans le dessin courant. Lorsque vous utilisez la représentation structurée de la nomenclature, vous n'avez pas besoin de développer l'ensemble de plus haut niveau, alors qu'aucun des autres fichiers l'utilisant comme composant xréf n'est affecté.