Az Autodesk Vault projektek, illetve az adathivatkozásokat tartalmazó projektek mindegyike használja a munkamappa fogalmat az összes projekt tárolási helyéhez. Adathivatkozás projektek esetén a munkamappa az aktuális projekt dokumentumait tartalmazza. Autodesk Vault esetén a munkamappa az adatbázisból származó eredeti dokumentumok másolatait tartalmazza.
Mindkét projekttípus számára az alapértelmezett munkamappa helye a C:\Civil 3D Projects. Ez a hely megfelelő a Vault tárat és az adathivatkozásokat használó projektekhez is. Ha azonban mindkét típusú projekttípussal dolgozik, érdemes azokat elválasztani egymástól az ellenőrzés megkönnyítése érdekében. Egyszerű megoldás, ha az Autodesk Vault munkamappa nevét a C:\Civil 3D Vault Projects útvonalra, az adathivatkozás-munkamappa nevét pedig a C:\Civil 3D Shortcut Projects útvonalra állítja be.