L'eliminazione di un progetto è riservata all'amministratore di sistema. Di conseguenza, non deve essere eseguita dall'Archivio dei progetti, ma da Esplora file.
L'eliminazione della cartella di progetto comporta l'eliminazione di tutti i file DWG e XML e del file APJ. Prima di eseguire tale operazione, assicurarsi che tali file non saranno effettivamente più necessari in futuro. Se non si intende più lavorare su un progetto, ma si vogliono comunque salvare i relativi file DWG, è in genere sufficiente rimuovere soltanto il contesto del progetto.