W przeciwieństwie do programów AutoCAD czy Mechanical Desktop, które przechowują różne typy danych w jednym pliku, dane w programie Autodesk Inventor są przechowywane w wielu skojarzonych ze sobą plikach.
W programie Autodesk Inventor są również obsługiwane pliki prezentacji (.ipn) zawierające definicje rozbitych zespołów i specjalnych widoków zespołu, a także pliki iFeature (.ide) zawierające definicje iFeature.
Pliki związane są wzajemnie powiązane. Kiedy zmieniasz plik, pliki zależne są aktualizowane. Na przykład gdy zmieniasz zespół, widoki rysunku i prezentacji tego zespołu są aktualizowane automatycznie.
Można dokonać translacji plików z innych systemów CAD do pracy w programie Autodesk Inventor (zobacz sekcję Uzyskiwanie dostępu do plików z innych systemów CAD).
Jeśli obiekty programu AutoCAD nie wymagają translacji (importu) do obiektów programu Autodesk Inventor, dowolny plik DWG (.dwg) programu AutoCAD można otworzyć bezpośrednio w programie Autodesk Inventor, a następnie przeglądać, drukować oraz mierzyć zawarte w nim obiekty. Obiekty są wyświetlane tak samo jak w programie AutoCAD. Ponadto wszystkie dane 2D programu AutoCAD są dostępne dla operacji kopiowania i wklejania. Plik DWG (.dwg) programu AutoCAD można otworzyć w programie Autodesk Inventor, a następnie skopiować i wkleić elementy programu AutoCAD do dowolnego szkicu programu Autodesk Inventor.
Więcej informacji znajduje się w temacie Używanie geometrii programu AutoCAD.