No Navisworks, há o conceito de conjunto de seleção ativo (os itens selecionados no momento ou a seleção atual) e de conjuntos de seleção salvos. A seleção e a procura de itens os torna parte da seleção atual, portanto, é possível ocultá-los ou sobrepor suas cores. A qualquer momento, a seleção atual pode ser salva e nomeada para usá-la em sessões posteriores.
É possível utilizar diversos métodos para selecionar itens de forma interativa na seleção atual. É possível usar a lista suspensa da Selection Tree e selecionar itens diretamente na Scene View usando as ferramentas Select e Select Box. Você também pode selecionar outros itens com propriedades similares às seleções existentes usando os comandos de seleção.