L'accesso alla finestra Preferenze è possibile dal pulsante Preferenze nell'angolo in basso a sinistra della finestra Project Explorer principale.
Le preferenze determinano l'aspetto dell'interfaccia utente di Project Explorer che non è rilevante per la generazione di rapporti. Ad esempio, gli schemi di colori e le impostazioni di scala di default per le viste profilo e sezione, le impostazioni font per l'interfaccia utente e la visibilità e il layout riquadro di ogni singola scheda Categoria oggetto nella finestra Project Explorer.
Le Preferenze interfaccia utente possono essere salvate nei file delle preferenze salvate (.xmpp), consentendo il ripristino in qualsiasi momento delle impostazioni finestra preferite o la condivisione con i colleghi.
Le preferenze attualmente assegnate alla finestra Project Explorer principale possono essere ripristinate alle impostazioni di default in qualsiasi momento facendo clic sul pulsante Ripristina default nell'angolo in basso a sinistra della finestra Preferenze.