Les principales commandes de manipulation des fichiers sont accessibles dans le menu de l'application. Les boutons correspondant à certaines de ces commandes sont également disponibles dans la barre d'outils accès rapide. Ces commandes permettent notamment de créer, d'ouvrir et d'enregistrer des scènes, d'importer et d'exporter d'autres formats de fichiers 3D, de quitter 3ds Max.